Der tropische Grenzfluss zwischen Guatemala und Mexiko ist der wichtigste Strom Mesoamerikas. Durch sein Becken, das eine Fläche von 106.000km² einnimmt, werden jährlich 59 Millarden Kubikmeter Wasser in den Golf von Mexiko transportiert.

Yaxchilán war, zusammen mit Tikal, Copán, Piedras Negras und Palenque, eine der wichtigsten Mayastädte der klassischen Periode, sowohl was die Größe der Anlage, als auch die Zahl und ästhetische Qualität ihrer Gebäude und Monumente anbelangt. Berühmt sind vor allem die gut erhaltenen, in Stein gearbeiteten Türstürze mit ihren detaillierten Darstellungen zentraler Rituale der Mayakultur. Weitere Besonderheiten Yaxchiláns sind das hohe Maß, in dem Frauen in Zeremonien einbezogen waren, die komplexe kosmologische Symbolik seiner Stelen, und schließlich die ausführliche Dokumentation der Regierungszeiten zweier Herrscher der Spätklassik: die des Schild Jaguar (Itzamnah Balam) und seines Sohnes Vogel Jaguar IV (Yaxun Balam). Erst während ihrer Herrschaft (726-770 n.Chr.) legte Yaxchilán seinen Vasallenstatus ab und wurde zur dominierenden Macht am Usumacinta.

Vater und Sohn waren auch für den Ausbau der Stadt zu ihrer heutigen Größe verantwortlich. Dieser Ausbau vollzog auf architektonisch-planerischer Ebene den Lauf der Sonne über die Erde nach. Zwei gedachte, sich kreuzende Achsen durchschneiden das Zentrum von Südost nach Nordwest bzw. von Nordost nach Südwest und markieren den Lauf der Sonne beim Sonnenaufgang zur Sommer- und Wintersonnenwende. Aus den mehr als 100 erhaltenen und entzifferten Hieroglyphentexten, darunter auch eine Hieroglyphentreppe, lässt sich die Geschichte der Stadt in den Jahren 359 bis 808 n. Chr. rekonstruieren. Während des 8.Jahrhunderts dominierte Yaxchilán demnach auch das benachbarte Bonampak.