San Ignacio liegt fernab aller Touristenzentren, auch wenn die Grauwale, die alljählich zu Tausenden in der Laguna de San Ignacio kalben, den Ort weltbekannt gemacht haben. Kaum irgendwo sonst zeigen sich die mächtigen Meeressäuger so neugierig und zutraulich wie in den Lagunen der südlichen Baja California.

Das mit Abstand beeindruckendste Gebäude des Ortes ist seine namensgebende Missionskirche, San Ignacio de Loyola, deren Bau im frühen 18.Jahrhundert von Jesuiten begonnen, dann aber von Dominikanern fertiggestellt wurde. Sie gilt als eine der schönsten Missionskirchen der Halbinsel. Hinter ihrer Fassade verbergen sich im Innern ein kostbar gearbeiteter Holzaltar sowie mehrere Ölgemälde und eine Statue des Ignacio von Loyola, die als Musterbeispiele religiöser Kunst des 18.Jahrhunderts gelten.

Die Waltouren sind als Tagestour möglich. Wer zugunsten einer naturnahen Erfahrung auf großen Komfort verzichten kann, der sollte einmal in einem der Camps in der Laguna de San Ignacio übernachten.

San Ignacio ist auch eine guter Ausgangspunkt zum Besuch der zum Unesco Welterbe gehörenden Felszeichnungen der Sierra de San Francisco. Hierfür ist eine Genehmigung des INAH (Instituto Nacional de Arte e Historia) notwendig, dessen Büro sich auf einer Seite der Kirche befindet.