Monte Albán erlebte zwei entscheidende Phasen, die erste zwischen 200 v. Chr. und 200 n. Chr. im Protoklassikum und die klassische Periode zwischen dem 3. und dem 10. nachchristlichen Jahrhundert.
Von archäologischer Bedeutung sind vor allem der Tempel J, der vermutlich als Observatorium diente, der Danzantes-Komplex sowie zahlreiche Gräber hochstehender Persönlichkeiten und die in ihnen gefundenen Schätze.
Auch die älteste Inschrift Mesoamerikas, in Stein gemeißelte Kalenderzeichen, deren Entstehungszeitraum auf ca. 600 v. Chr. datiert wird, wurden in Monte Albán gefunden.
Um das 9. Jahrhundert begann der Niedergang des Zentrums. An seiner Stelle ging Mitla aus der Verschmelzung von zapotekischer und mixtekischer Kultur als neue Hauptstadt der Region Oaxaca hervor.
Seit 1987 gehört Monte Albán zusammen mit dem historischen Zentrum von Oaxaca zum Weltkulturerbe der UNESCO. Die Schätze aus Grab 7, u.a. Goldschmuck und ein mit Mosaiksteinen besetzter Schädel, sind allerdings nicht vor Ort, sondern im “Museo de las Culturas de Oaxaca” in Oaxaca zu bewundern.

Im Südwesten der Anlage liegt der Komplex der so genannten “Danzantes”, eine Reihe von Steinreliefs, deren Motive fälschlicherweise als Tänzer bezeichnet wurden. Tatsächlich stellen die Stelen wahrscheinlich gefolterte (Kriegs-) Gefangene dar. Die vor Ort durch Kopien ersetzten Originale stehen im Museum der Anlage.

Vier Kilometer nördlich des  Monte Albán, auf dem Gipfel des Monte Cerro del Bonete, wurde der größte zapotekische Ballspielplatz entdeckt. Er gehört zu der archäologischen Stätte  Atzompa, die erst seit September 2012 der Öffentlichkeit zugänglich ist.
Atzompa diente zwischen 650 und 850 n. Chr. vermutlich als Wohnsitz der Eliten aus Monte Albán und gehörte nicht zu dessen Siedlungskern. Atzompa soll Teil eines erweiterten Monte Albán Rundgangs werden. So wurden bereits Wege für Besucher angelegt und die wichtigsten Pyramidenbasen geschützt.