In El Vizcaìno leben neben zahlreichen endemischen Tierarten Seelöwen, Delphine, Meeresschildkröten, Pumas, Wüstenfüchse, Hornschafe, eine äußerst seltene Antilopenart, mexikanische Falken, weiße Pelikane und Fischadler. Die Umgebung von San Ignacio ist ein Vogelhabitat von Weltrang. 72 der Tierarten stehen unter Schutz – von ihnen sind sechs vom Aussterben bedroht. El Vizcaíno beherbergt mehr Pflanzenarten als jede andere Region der Baja. Die Lagunen von Ojo de Liebre und San Ignacio an der Westküste sind seltene Ökosysteme, in denen neben anderen Meeressäugern jährlich tausende von Grauwalen überwintern und kalben.
Ein riesiges Salzgewinnungsprojekt der mexikanischen Regierung und der Mitsubishi Corporation, das eine existentielle Bedrohung für das Schutzgebiet bedeutete, wurde im März 2000 nach langjährigen Protesten einer internationalen Koalition von Naturschützern, Wissenschaftlern und Politikern von der mexikanischen Regierung gestoppt. Der damalige mexikanische Präsident Zedillo erklärte:

“Wir Mexikaner schaffen eine neue Kultur der Wertschätzung, des Respektes und des Schutzes der natürlichen Ressourcen unseres Volkes”.

Mit dieser überraschenden Entscheidung wurde ein Schreckensszenario verhindert. Das Wasser der Lagune von San Ignacio hat einen höheren Salzgehalt als das Wasser im offenen Meer. Diese hohe Salzkonzentration sorgt für den nötigen Auftrieb, der den noch unbeholfenen Walkälbern hilft, das Schwimmen zu erlernen. Durch den Abzug des Wassers aus der Lagune durch die Pumpen des neuen Salzwerks wären täglich 1,7 Milliarden Liter Wasser mit niedrigerem Salzgehalt in die Lagune geströmt. Die Aufzucht der Waljungen wäre dadurch erschwert worden.

Für die Salz-Konzentrations- und Kristallisationsgebiete hätten Mangrovenwälder gerodet, die Wanderwege von Wildtieren durchschnitten und eine Veränderung des Wasserabflusses in Kauf genommen werden müssen. Für die Frachtschiffe zum Abtransport des Salzes wäre ein über 2 km langes Pier gebaut worden. Die Route der Schiffe hätte die Wanderwege der Wale gekreuzt – Zusammenstöße mit den Tieren wären unvermeidlich gewesen.
Die Fischerkooperativen von San Ignacio organisieren während der Wintermonate, sofern die Witterung dies zulässt, Touren zur Lagune, bei denen man die Walmütter mit ihren Kälbern aus nächster Nähe beobachten kann – ein unvergessliches Erlebnis.