Je nach Witterung und Untergrund schimmert sein Wasser in allen erdenklichen Blau- und Türkistönen, was ihm den Beinamen als Lagune der sieben Farben (Laguna de siete Colores) eingebracht hat. Zahllose Fische, Wasservögel und auch der seltene tropische Fischotter finden hier einen idealen Lebensraum. An den Ufern des Sees kann man mit etwas Glück Tukane, Affen und andere tropische Tierarten beobachten.

Bereits 435 n.Chr. gründeten die Maya am Westufer des Sees die Siedlung Bak’halal (»von Schilfrohr umgeben«). Bak’halal war ein bedeutender Handelsplatz für Waren aus Ulúa in Honduras und die Cabecera (Hauptstadt) Uaymils, einer der 16 Provinzen, in die Yucatán vor Ankunft der Spanier aufgeteilt war. Ein Jahrtausend später eroberten die Spanier die Region und gründeten 1544 Villa Salamanca de Bacalar. Tropische Harthölzer (u. a. Mahagoni) aus dem umgebenden Urwald und palo de tinte, ein Holz, das man in Europas Textilindustrie zum Färben benutzte, wurden von hier nach Europa verschifft. Da Piratenangriffe nicht ausblieben, errichtete man zum Schutz der prosperierenden Ortschaft 1728 das Fuerte San Felipe, ein Hügelfort, umgeben von einem vier Meter tiefen Graben.

Im ‘Krieg der Kasten’ wurde es von den Maya 1858 besetzt und bis 1902 gehalten, als die mexikanischen Truppen die Übermacht gewannen. Heute enthält das vollständig restaurierte Fort ein kleines Geschichtsmuseum mit einer bemerkenswerten Sammlung zur Geschichte der Piraterie (Museo de la Piratería). An Wochenenden sind das Fort und seine Gärten ein beliebtes Ausflugsziel von mexikanischen Familien.

Der kleine Ort Bacalar hat keine Attraktionen aufzuweisen, und die meisten der kleinen Hotels am Seeufer liegen außerhalb. Südlich des Dorfes findet man den 80 Meter tiefen Cenote Azul, der mit einem Durchmesser von 200 Metern als größter des Landes gilt und einen beliebten Badeplatz abgibt. Das Restaurant an seinem Ufer bietet mittelmäßiges Essen, aber einen schattigen Platz mit Aussicht.