Diesen “Tiefen” (spanisch: Honduras) entkommen zu sein, veranlasste Kolumbus der Legende nach zu einem Stoßgebet, nachdem er im Rahmen seiner vierten und letzten Reise im August 1512 bei Trujillo erstmals amerikanisches Festland betreten hatte.
Der natürliche Hafen machte Trujillo zunächst zur wichtigen Verladestation, von der die erbeuteten Reichtümer der “Neuen Welt” nach Europa verschifft wurden, doch schon bald wurde Trujillo selbst zur Beute: Piraten und Freibeuter, die auf den Bay Islands ihren Stützpunkt hatten, überfielen die durch die Festung Santa Barbara geschützte Hafenstadt immer wieder und brannten sie zweimal bis auf die Grundmauern nieder.
Die Spanier zogen sich daraufhin bis zum späten 18.Jahrhundert aus Trujillo zurück. Wirtschaftliche Bedeutung erlangte es erst wieder mit dem Bananenboom am Beginn des 20.Jahrhunderts.
Auch der Tourismus hat diesen Teil der honduranischen Karibikküste, trotz weiter Strände und intakter Natur, noch nicht “entdeckt”, ein Umstand, der sich durch den Bau eines Kreuzfahrtpiers 2010 ändern sollte, auch wenn die sporadischen Halbtages-Invasionen durch die Passagiere schwimmender Hotelburgen keine Entwicklung im Sinn eines nachhaltigen Tourismus erwarten lassen.