Seit einigen Jahren entdeckt Comayagua seine koloniale Vergangenheit wieder. Zahlreiche historische Gebäude und Kirchen wurden restauriert. Unter ihnen die Kathedrale, deren Prunkstück eine 800 Jahre alte Uhr ist. Diese wurde einst von den Mauren für die Alhambra gefertigt und später der Stadt von Philipp II von Spanien gestiftet. Die Fassade der zwischen 1685 und 1715 erbauten Catedral de Santa Maria ist mit plastisch gestalteten Heiligenfiguren geschmückt.

Noch älteren Datums sind die Kirchen La Merced, mit deren Bau bereits 1550 begonnen wurde, und die Iglesia de San Francisco, die 1574 als Iglesia de San Antonio in einem schlichten Stil erbaut und zwischen 1610 und 1620 vollständig umgestaltet wurde.

Die Kirche La Caridad aus dem frühen 18. Jahrhundert komplettiert schließlich die Reihe kolonialer Sakralbauten der Stadt.

Im Kolonialbau des früheren Regierungspalastes ist nach dessen umfassender Renovierung heute das archäologische Museum untergebracht, das über eine komplexe Sammlung von Artefakten der Lenca-Kultur verfügt. Seine Exponate reichen von prähistorischen Fossilienfunden und Höhlenkunst, über Jadeschmuck und Werkzeuge bis zu einer hervorragenden Sammlung vielfarbiger Keramik der Spätklassik.

Comayaguas bedeutendes Museum religiöser Kunst (Museo de Arte Religioso), das mit seinen Räumen im alten Bischofspalast untergebracht war, wurde im Sommer 2009 durch einen Brand zerstört. In einer großen Kraftanstrengung wurde das Gebäude vollständig rekonstruiert und im August 2012 wieder eröffnet. Es beherbergt den geretteten Teil der Sammlung (ca. 60 Prozent).

Comayaguas jüngere Geschichte ist eng mit der Präsenz us-amerikanischer Truppen verbunden und enthält einige dunkle Kapitel. Vom 8km südlich der Stadt gelegenen Stützpunkt Soto Cano aus wurden in den 1980’er Jahren die Contras gegen die sandinistische Revolution in Nicaragua unterstützt. Die Zahl von ehemals mehreren tausend Soldaten hat sich bis heute auf weniger als 1000 Mann reduziert, nicht zuletzt aufgrund massiver Proteste in der honduranischen Öffentlichkeit.

Insbesondere nach Hinweisen, dass HIV infizierte Kinder, offensichtlich von Soldaten missbraucht (und infiziert) worden waren, drohte der brodelnde Anti-Amerikanismus in weiten Teilen der Bevölkerung überzukochen. Es kam zu Brandanschlägen und Mordversuchen, bis das US-Militär eine Ausgangssperre gegen seine Soldaten verhängte. Gegenwärtig dient Soto Cano als Stützpunkt im Kampf gegen den illegalen Drogenhandel.