Seine Wassergrenze folgt einer gedachten Linie, die entlang der vorgelagerten Felsenriffe, die den “Tómbolo” von Punta Uvita, die Inseln Isla Ballena, Tres Hermanas und deren Umgebung einschließt, verläuft, an der Mündung Boca del Río Higuerón beginnt und bei Punta Piñuelas im Süden endet. Zu den geschützten Landformen gehören sandige und felsige Strände, Felsküste, Felsen- und Korallenriffe, Inseln und den über Jahrtausende auf der Felsenbasis angelagerten Sand des Tómbolo von Punta Uvita, das eine Landverbindung zwischen Festland und vorgelagerter Insel geschaffen hat. Aus der Luft betrachtet hat diese geologische Formation den Umriss einer Walflosse, jedoch war dieser Umstand nicht namengebend für den Nationalpark, vielmehr gelten seine Gewässer als wichtige Ruhezone für mehrere Delfin- und Walarten, darunter auch Buckelwale, die hier sowohl in den Winter- als auch in den Sommermonaten auf ihren Wanderungen vorbeiziehen. Zu den wichtigsten maritimen Lebensräumen gehören die Korallenriffe, die einer Vielzahl von Lebewesen das Zusammenleben ermöglichen.

Zur Vogelwelt des Nationalparks Marino Ballena gehören u.a. Fregattvögel, Schneesichler, Pelikane und
Brauntölpel. Vor allem bei Ebbe lässt es sich gut vom Strand aus schnorcheln, während die angebotenen Bootstouren, gleichgültig ob als Schnorcheltouren oder zur Beobachtung der Meeresvögel, oft hinter den Erwartungen zurück bleiben, da es den Booten nicht gestattet ist, an den vorgelagerten Inseln anzulegen. Eine Besonderheit in der Tierwelt des Nationalparks stellt eine Kolonie von Meerechsen dar, die wie prähistorisches Strandgut anmuten, wenn sie sich zwischen ihren Tauchgängen nach Algen auf den Steinen zwischen den Salzwasserpools sonnen, und ihre Körper dabei so ausrichten, dass sie die maximale Aufwärmwirkung erzielen.

Der kleine Ort Uvita liegt 16 km südlich des vor allem bei Nordamerikanern beliebten Badeortes Dominical an der Küstenstraße Costanera Sur. Zwar ist das Ausmaß des Tourismus, vor allem wenn man es mit anderen Abschnitten an Costa Ricas Pazifikküste vergleicht, noch überschaubar. Dennoch boomt Uvita, und die Anzahl an Hotels und privaten Bauvorhaben wächst stetig. Noch überwiegen kleine Hotels und man findet kaum mehr als  ein Dutzend Restaurants in der Umgebung des Nationalparks, auch wenn das kleine Ojochal, rund 16 km südlich von Uvita gelegen, als eine kulinarische Hochburg des Landes gilt.