Gegründet wurde sie 1538 von Alonso de Alvarado, einem General Pizarros als San Juan de la Frontera de los Chachapoyas. Sie diente den Spaniern als Basis zur Eroberung des Amazonas und als Vorposten auf der Suche nach dem legendären El Dorado. Als eine der ältesten spanischen Stadtgründungen im heutigen Peru ist Chachapoyas’ Architektur bis heute durch großzügige, ziegelgedeckte Häuser (Casonas) mit kleinen, gedrechselten Holzbalkonen und bepflanzten Innenhöfen charakterisiert, darunter das Bischofshaus El Obispado und die Casona Monsante (heute befindet sich in dem Gebäude ein kleines Hostal). Die große, quadratische Plaza de Armas bzw. Plaza Mayor mit der Kathedrale liegt im Westen des Zentrums.

Chachapoyas ist das Tor zu den archäologischen Stätten in Perus nördlichen Anden, die weitaus weniger Touristen sehen als die der Inka im Süden.
Sieht man von der unvergleichlichen Lage Machu Picchus ab, kann die Region Chachapoyas mit der rätselhaften Festung der Wolkenmenschen von Kuélap (oder Cuélap), den beinahe asiatisch anmutenden Sarkophagen von Karajía oder der Nekropole von Revash sowohl landschaftlich als auch in archäologischer Hinsicht mithalten.
Leider sind Dutzende weitere, im Nebelwald zwischen Kuélap und dem Tal des Marañón versteckte Siedlungen der Chachapoyas, die unter dem Begriff Gran Vilaya Komplex zusammengefasst werden, bisher nur im Rahmen mehrtägiger Wanderungen zu erreichen, und auch der Weg zum Wasserfall von Gocta, der als weltweit dritthöchster gilt und erst 2003 von einem deutschen Entwicklungshelfer “entdeckt” wurde, versinkt immer dann im Matsch, wenn im recht kleinen Einzugsgebiet der ihn speisenden Flüsse Niederschläge gefallen sind, die den Fall erst zu voller Geltung kommen lassen.