Diese als León Viejo bekannte und zum Welterbe der Unesco gehörende Stadtgründung wurde jedoch bereits 1610 wieder aufgegeben, als ein Vulkanausbruch des nahegelegenen Momotombo sie zu vernichten drohte. Ihre Bewohner verlegten sie daraufhin an ihren heutigen Ort. Als Piraten León 1685 überfielen und niederbrannten, gelang es den Leonesern, einen der Piraten, William Dampier, gefangenzunehmen.
Als sich herausstellte, dass er im Zivilberuf auch Baumeister war, wurde er kurzerhand mit dem Entwurf einer neuen Kathedrale beauftragt. Obwohl dies bereits die vierte Variante des Kirchenbaus darstellte, war Leóns Bischof Benito de Baltodano mit dem Ergebnis derart unzufrieden, dass er 1747 den fünften und letzten Auftrag zum Kathedralenbau erteilte. Als die Bauarbeiten schließlich 1860 abgeschlossen waren, besaß León die größte Kathedrale Zentralamerikas. Zur Finanzierung des Baus konnten sich wohlhabende Bürger bereits zu Lebzeiten ein Grab in einem der sieben Gewölbe unter der Kathedrale sichern. Doch nicht nur reiche Bürger, auch Nicaraguas Nationaldichter Rubén Darío, ist hier am Fuß der zwölf Apostel, unter einem liegenden Löwen  bestattet.

Unter Leóns Kolonialkirchen, zu denen La Merced, El Calvario, San Juan, San Francisco, Sutiaba und La Recolección gehören, ist die 1530 erbaute Kirche San Juan Bautista die älteste. Im 19.Jahrhundert war León  neben Granada die bedeutendste Stadt des Landes. Bevor Managua 1858 schließlich Hauptstadt wurde, wechselte diese Funktion, je nachdem, ob Liberale oder Konservative an der Macht waren, zwischen León und Granada.
Zu Zeiten der sandinistischen Revolution war León auf Seiten der FSLN und hatte entsprechend unter Angriffen und Zerstörungen durch die Somoza-Truppen zu leiden. Deren Befestigungsanlage, El Fortín, in der zahllose Gefangene gefoltert und ermordet wurden, kann man wenige Kilometer außerhalb Leóns besichtigen. An die sandinistischen Opfer erinnert an der Stelle der zerstörten 21. Garnison ein Denkmal für den unbekannten Soldaten. An vorkoloniale Zeiten erinnert ein 600 Jahre alter Tamarindenbaum im Sutiaba-Viertel. Hier wurde 1614 der letzte Sutiaba-Führer Adiact von den Spaniern gehängt. Eine Plakette gedenkt dem Ereignis. Der indigenen Sutiaba-Kultur ist auch ein kleines Museum nahe der Sutiaba-Kirche gewidmet. Das Gebäude ist leicht an seinen Wandmalereien zu erkennen. Neben Werkzeugen und Ritualgegenständen liefern Malereien und Illustrationen Hintergrundinformationen zu den indigenen Kulturen Nicaraguas. Das Centro de Arte de la Fundación Ortiz Gurdián besteht aus zwei restaurierten Kolonialgebäuden, in denen eine Kunstsammlung aus historischen und zeitgenössischen Arbeiten ausgestellt ist. Eine Mischung aus Kneipe und Kulturzentrum stellt das Cafetín Cultural La Esquina del Movimiento dar. Den Legenden und Geschichten Leóns ist – wie der Name sagt – das Museo de Leyendas y Tradiciones gewidmet (gegenüber der Kirchenruine San Sebastian). Ein weiteres sehenswertes Museum der Stadt ist das ehemalige Wohnhaus des Dichters Rubén Darío.