Heute umfasst der Park eine Fläche von beinahe 22300 km², die zum Schutz der Wildtiere vollständig eingezäunt wurde. Im Osten des Parkareals befindet sich eine etwa 5000 km² große Salzpfanne, die entstanden ist, als durch die Flussbettverlagerung des Kunene vor etwa 2 Millionen Jahren dessen Binnendelta nach und nach austrocknete.

Der heutige Etosha Nationalpark wurde bereits unter deutscher Verwaltung im Jahr 1907 vom damaligen Gouverneur Deutsch-Südwestafrikas, Friedrich von Lindequist, zum Naturschutzgebiet erklärt, weil der ehemals reiche Wildbestand durch Wilderei und hemmungslose Großwildjagd fast gänzlich ausgerottet war. Das damalige Schutzgebiet war viermal so groß wie das heutige. Es wurde seitdem mehrmals verkleinert und erhielt mit Beginn der 1970-er Jahre seine heutigen Grenzen. Diese wurden schließlich 1973 mit einem 850 km langen Zaun versehen. Obwohl als Schutz konzipiert, bringt der Zaun auch Probleme mit sich.

Das natürliche Gleichgewicht ist seit langem gestört. Der Lebensraum der Wildtierherden, die einst durch den ganzen Kontinent zogen, ist massiv eingeschränkt, und einzelne Tierarten vermehren sich zu stark. Zu diesen zählen vor allem Elefanten, die starke Verwüstungen anrichten und manche Raubtiere, die allzu leicht Beute finden. Die Umzäunung des Parkareals bringt auch mit sich, dass die dort lebenden Tiere auf das vorhandene Wasserangebot angewiesen sind. Deshalb geschieht die Wasserversorgung durch Wasserlöcher, die zum Teil natürlichen Ursprunges sind, aber auch künstlich versorgt werden. Ständige Wasserlöcher findet man an der Südseite des Salzsees, weil sich durch den Kalkstein sickerndes Regenwasser auf dem undurchlässigen Tonboden sammelt und aufgrund des natürlichen Gefälles nach Süden fließt, wo es teilweise wieder austritt. Im westlichen Teil des Parks, der für Touristen ohne Führer bisher nicht zugänglich ist, gibt es nur fünf natürliche und 27 künstliche Wasserstellen, im östlichen Teil hingegen 29 natürliche und 12 künstliche Wasserstellen. Diese bieten Touristen, vor allem während der Monate der Trockenzeit, beste Möglichkeiten zur Wildbeobachtung. An den Eingangstoren sind Karten des Nationalparks erhältlich, auf denen die Wasserlöcher samt ihrer Zufahrtswege verzeichnet sind.
Insgesamt gibt es vier Zugänge: Im Osten das von Lindequist-Gate; im Norden das Nahale IyaMpinga Gate (oder auch King Nehale Gate); im Süden das Andersson Gate und im Westen das Galton Gate, das erst seit 2014 von allen Besuchern passiert werden darf.
Für Besucher des Nationalparks gelten strenge Regeln: Die Tore zum Nationalpark öffnen bei Sonnenaufgang und schließen in der Dämmerung. Bei Einbruch der Dunkelheit müssen Besucher das Camp erreicht oder den Park verlassen haben (Die Sonnenauf- und -untergangszeiten sind an den Parktoren angeschlagen). Die Verkehrsregeln, insbesondere die Geschwindigkeitsbegrenzungen (50km/h auf den Schotterstraßen), sind strikt einzuhalten.

Ende September 2011 wütete ein verheerendes Buschfeuer im Etosha Nationalpark, mutmaßlich durch die Herstellung von Holzkohle auf Farmen in der Randzone des Parks verursacht. Die grausige Bilanz des Brandes war der größte Wildverlust in der neueren Geschichte des Landes: 25 Spitzmaulnashörner, fünf Breitmaulnashörner, 11 Elefanten, 60 Giraffen, 30 Kudus und drei Löwen starben in den Flammen. Dazu verbrannten tausende Hektar Weideland im Etosha selbst und auf den angrenzenden Farmen.
Die deutschsprachige Allgemeine Zeitung ätzte gegen die Parkverwaltung und gab dem ihrer Meinung nach schlechten Management des Parks indirekt die Schuld an dem Fiasko. Unter der Überschrift Etoscha – sachliche Sorgfalt fehlt schreibt der Autor in der Ausgabe vom 19.10.2011 unter anderem: (…) “Der Etoscha-Nationalpark ist per Definition eine Riesenwildfarm, die überwacht, verwaltet und gepflegt werden muss. Der Nationalpark kann nicht sich selbst und schon gar nicht dem Zufall überlassen werden. Das wissen die jetzigen Wildwarte auch, aber es fehlt ihnen an einschlägiger Erfahrung, worüber die vorige, koloniale Garde, verfügte, die sich unter der neuen Regierung nicht gehalten hat. Der Regierung sind Einkünfte aus dem Fremdenverkehr im Etoscha-Nationalpark das Wichtigste. Geldmachen und Arbeitsplätze sind angesagt, deshalb der Luxus der Rastlager und verbieterische Wuchertarife. Forschung und wissenschaftliches Umweltmanagement überlässt die SWAPO-Regierung einigen wenigen Zivilorganisationen, die aber im Park kein Sagen haben. Das hat sich jetzt im Etoscha-Nationalpark bitter gerächt. Naturerbe verwalten und erhalten ist mehr als Rastlager betreiben und auf Vieh aufpassen. …”

Die Tiere des Nationalparks

Der Etosha Nationalpark verzeichnet 114 Säugetierarten, 340 Vogel- und 110 Reptilienarten. Es gibt jedoch keine Büffel, Flusspferde, Krokodile und auch keine Affen im Park.

In der Vogelwelt des Parks gehört ein Drittel der gezählten 340 Arten zu den Zugvögeln, die zur Regenzeit in großen Scharen vor allem auch in der Fischer Pan im Osten des Parkareals zu beobachten sind. Hier versammeln sich unter anderen große Watvögel sowie Rosa- und Zwergflamingos. Unter den 35 Raubvogelarten finden sich Schwarzmilan, Steppenadler, Rotfußfalke, Rötelfalke und Zwergadler. Acht Eulenarten sind im Nationalpark vertreten, darunter der Perl-Sperlingskauz, der Fleckenuhu, die Südbüscheleule und die Weißgesicht-Ohreule. Die Geier sind mit Kapgeier, Schmutzgeier, Kappengeier, Ohrengeier, Palmgeier und Weißrückengeier vertreten. Zu den seltensten Vogelarten gehören der Regenbrachvogel, die Uferschnepfe, der Braunkehlreiher, Goliath- und Purpurreiher, die Zwerdommel und die Sturms Zwergrohrdommel sowie der Klunkerkranich und der Kronenkranich. In der Nähe des Halali Restcamps kann man den Schwarzzügeldrossling (Turdoides melanops) und den Damarabaumhopf beobachten. Am Kalkheuwel Wasserloch kann man mit etwas Glück die seltenen blaugelben Rüpelspapageien und den Monteiro-Toko sehen.