Die Wirtschaft des kolonialen Mexiko beruhte auf den drei Säulen Landwirtschaft, Handel und Gewerbe und Bergbau. Trotz geringer Gewinnspannen behielt die Landwirtschaft bis zum Ende der Kolonialzeit – und darüber hinaus – den weitaus größten Anteil an der Gesamtproduktion. Die Einfuhr neuer Nutzpflanzen, Haustiere, Arbeitsgeräte und Anbautechniken bewirkte einen Strukturwandel der Landwirtschaft, in dem Klöster vielfach Vorbildfunktion hatten. Von den Einheimischen wurden jedoch die meisten Neuerungen nur zögernd oder gar nicht übernommen. Während die in spanischer Hand befindlichen Ländereien für den Markt produzierten, blieb den Indigenas die Subsistenzwirtschaft auf kommunal genutzten Anbauflächen, den sogenannten “ejidos”.

Die Erschließung von Transportwegen beanspruchte eine große Zahl von Zug- und Lasttieren neben der sonstigen Groß- und Kleinviehhaltung, so dass schon früh ein Mangel an geeigneten Weideflächen auftrat. Überweidung und die Nutzung des europäischen Hakenpfluges auch in Hanglagen verschärften Erosionsschäden, die in Landschaften mit langen Trockenperioden und kurzen heftigen Regenzeiten immer auftreten, in verheerender Weise. Dennoch wurde die Weidewirtschaft zu einem wichtigen Agrarsektor und ist es bis heute in den Grasländern am Fuße Sierra Madre Occidental, von Aguascalientes bis Chihuahua, sowie im Osten des zentralen Hochlandes geblieben. Anfangs spielten Tierhäute und die Talgproduktion für Kerzen die Hauptrolle neben der (Trocken-) Fleischproduktion, die Milchwirtschaft hatte aufgrund der leichten Verderblichkeit keine Bedeutung.

Der Zuckerrohranbau wanderte im 16.Jahrhundert von den Antilleninseln nach Mexiko, die Anbauflächen in Veracruz und in den Becken von Morelos und Puebla machten Mexiko gegen Ende des Jahrhunderts zum größten Zuckerproduzenten des spanischen Weltreiches. Wichtige Exportgüter waren auch die einheimischen Pflanzen Kakao, Vanille und Tabak.

In trockenen Gegenden – vor allem im Becken von Oaxaca – wurden auf Nopales-Kakteen Schildläuse zur Gewinnung eines karminroten Farbstoffes gezüchtet, der bis zur Einführung synthetischer Farbstoffe sehr begehrt war. Die Cochenille genannten Läuse waren im 17. und 18. Jahrhundert zweitwichtigstes Exportgut Mexikos, nach Silber und vor Indigo, dessen Pflanzen überwiegend in Yukatan angebaut wurden, ähnlich dem nach seinem Hauptexporthafen Sisal an der Westküste Yukatans benannten Henequén.

Die spanische Monopolpolitik verbot den Anbau wichtiger Kulturpflanzen des Mutterlandes wie Wein und Ölbaume, obwohl diese in Mexiko gute Standortbedingungen gehabt hätten.
Verbote galten auch für die meisten Industriewaren, lediglich einige Manufakturen zur Herstellung von Stoffen und Decken – auf spanischen Webstühlen gewebt – wurden geduldet.

Mitte des 18. Jahrhunderts wurde die zentralistische Verwaltung des mexikanischen Territoriums unter dem aufgeklärten spanischen Bourbonenkönig Karl III. gelockert und reformiert.
Die neu entstehenden Verwaltungseinheiten wurden zu territorialen Vorläufern der späteren mexikanischen Staaten. Trotz des wirtschaftlichen Aufschwungs – vor allem im Handel – der mit Dezentralisierung und der Lockerung zahlreicher Vorschriften verbunden war, blieb Neuspaniens Verkehrswesen weit hinter den Notwendigkeiten zurück.
Überfälle durch Wegelagerer – vor allem im Norden – gefährdeten die Transportwege zu Lande, während die Häfen entlang der Küsten regelmäßig von Piraten überfallen wurden. Der Binnenhandel war nicht im Stande, Engpässe, die aufgrund von Dürren, Missernten usw. entstanden, auszugleichen. Einer verheerenden Hungersnot in den Jahren 1785/86 fielen 300.000 Menschen zum Opfer.