Die Installation einer zivilen Kolonialverwaltung unter der Aufsicht sogenannter “oidores”, ziviler Richter mit weitreichenden legislativen und exekutiven Befugnissen, beschnitt den Einfluss der militärischen Eroberer.
Die territoriale Expansion der spanischen Kolonien wurde von einer massiven Missionierung der Indígenas begleitet.
Zuerst kamen die Franziskaner (1523 und 1524), die bis 1559 achtzig Missionen in Neuspanien gegründet hatten. Ihnen folgten die Dominikaner (1525), die Augustiner (1527) und schließlich die Jesuiten (1571). Insgesamt wurden während 300 Jahren spanischer Kolonialherrschaft in Mexiko rund 12.000 Kirchen gebaut.

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Auch wenn die Bekehrung der „Indianer“ zum Christentum oberstes Ziel ihrer Aktivitäten blieb, legten die katholischen Missionare doch auch den Grundstock für die Verschmelzung der spanischen mit den mexikanischen Kulturen. Sie nahmen die Einheimischen vor exzessiven Übergriffen der spanischen Herren in Schutz und gewannen so deren Vertrauen. Missionare gewährleisteten die rudimentäre Erziehung von Kindern und Jugendlichen und führten sie auch an europäische Musik und Kunst heran. Erwachsene machten sie mit europäischen Techniken des Anbaus, der Holz- und Metallverarbeitung, der Weberei, Färberei und Keramik vertraut. Ihrerseits widmeten sich zahlreiche Missionare ausgiebig dem Studium der indianischen Sprachen und zeichneten als Autoren oder Übersetzer sogenannter Codices für die Bewahrung der vorspanischen Geschichte verantwortlich. Bartólomé de las Casas und Vasco de Quiroga haben noch im heutigen Mexiko und darüber hinaus den Status von Volksheiligen, weil sie sich zum Anwalt der Indígenas gemacht haben.

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Doch auch fanatische Ignoranten, wie der als Bücherverbrenner und Folterer in die Geschichte eingegangene Bischof von Yucatán, Fray Diego de Landa, gehörten zu den Vertretern der katholischen Kirche Spaniens in der Neuen Welt.
Letzterer ließ im Juli des Jahres 1652 in einer berüchtigten Zeremonie im yukatekischen Mani 5000 rituelle Figuren und 28 Handschriftenrollen verbrennen und vernichtete so wesentliche Teile der Geschichtsschreibung und Geschichte eines ganzen Volkes – der Maya Yucatáns.
1530 erhielt Nueva España den Status eines Vizekönigreiches, des sogenannten “virreinato”, in dem mit der “encomienda” eine Art Lehensherrschaft eingeführt wurde, die für einen Großteil der indianischen Bevölkerung faktische Leibeigenschaft bedeutete. Sie mussten entweder als Landarbeiter in den großen Haciendas und Plantagen, oder als Minenarbeiter in den großen Silberminen ihren Frondienst leisten. Dem ersten Vizekönig Antonio de Mendoza folgten bis zur Unabhängigkeit 1821 einundsechzig weitere.
Die Ausbeutung der natürlichen Ressourcen, vor allem Gold, Silber und Mineralien, verhalf den Kolonien zu Wohlstand, der in zahllosen prächtigen Städten Ausdruck fand. Alleine durch den Ertrag der mexikanischen Silberminen verdoppelten sich die weltweiten Silbervorräte binnen zweier Jahrhunderte. Talentierte Steinmetze aus der indigenen Bevölkerung, die zuvor Pyramiden und Tempel gebaut hatten, schufen unter dem Diktat der neuen Herren Kathedralen, Klöster und Konvente, aber auch säkulare Bauten wie Regierungspaläste und Privatresidenzen.
Dieses architektonische Erbe macht heute einen Großteil der touristischen Anziehungskraft von Kolonialstädten wie Querétaro, San Miguel de Allende, Guanajuato, Morelia, Puebla, Taxco, Zacatecas und vielen anderen aus. Mit dem Wachsen der Kolonialgesellschaft hatte sich ein wohldefiniertes Kastensystem ausgebildet. In Spanien geborene Spanier, die peninsulares oder auch verächtlich gachupines genannt wurden, stellten die Oberschicht und besetzten die höchsten Ämter in Gesellschaft und Kirche. Den darunter angesiedelten criollos (in Mexiko geborene Kinder spanischer Eltern) blieben nur nachrangige Positionen in Kirche und Verwaltung, jedoch kamen sie häufig als Land– oder Minenbesitzer und als Geschäftsleute zu beträchtlichem Reichtum.
Ein eklatanter Frauenmangel in der Männergesellschaft der Conquistadores führte zu zahlreichen Verbindungen zwischen Spaniern und indigenen Frauen, aus denen oft illegitime Nachkommen, die mestizos, hervorgingen. Sie blieben über lange Zeit von Bildung und Wohlstand ausgeschlossen. Die unterste Stufe des sozialen Gefüges belegten die Indígenas.
Obwohl sie offiziell als Schutzbefohlene – sowohl der Kolonialregierung als auch der katholischen Kirche galten – wurden sie praktisch nur als Arbeitskräfte ausgebeutet. Wer von ihnen sich nicht zu Tode arbeitete, fiel eingeschleppten Krankheiten zum Opfer.

Windpocken, Masern oder auch einfache Erkältungen wurden zu Massenepidemien. In knapp achtzig Jahren war die einheimische Bevölkerung von neun Millionen auf knapp zweieinhalb Millionen dezimiert. Ihre Versklavung allerdings war Mitte des 16.Jahrhunderts vom zweiten Vizekönig verboten worden.

Das Verbot erstreckte sich nicht auf importierte afrikanische Sklaven, die nun den Arbeitskräftemangel ausgleichen sollten. Nicht im offenen Sklavenhandel, sondern über die Zwischenstation Sevilla, in der sie einer Zwangschristianisierung unterzogen wurden, wurden sie nach Mexiko gebracht. Sechs Afrikaner hatten als Sklaven schon an der Eroberung Mexikos „teilgenommen“. Mitte des 16. Jahrhunderts war die Zahl der Schwarzafrikaner in Mexiko dreimal größer als die der im Land lebenden Spanier.
Heute konzentrieren sich die größten Gemeinden von schwarzen Mexikanern an der Golfküste nahe Veracruz und an der Pazifikküste der Staaten Guerrero und Oaxaca.

Darstellung der mexikanischen Kasten, See page for author [Public domain], <a href="https://commons.wikimedia.org/wiki/File%3ACasta_painting_all.jpg">via Wikimedia Commons</a>

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Neben den genannten ethnischen Gruppen spielten auch Juden in der mexikanischen Geschichte der Kolonialzeit eine wichtige Rolle. Sie stellten jedoch keine homogene soziale Schicht dar. Mit dem Fall Granadas war die Reconquista genannte Rückeroberung Spaniens und Vertreibung der Mauren unter dem katholische Königspaar Isabella I. von Kastilien und Ferdinand II. von Aragon abgeschlossen. Im selben Jahr, als Kolumbus Amerika „entdeckte“, wurden alle Juden aus Spanien vertrieben. Die Inquisition hatte Nueva España noch nicht erreicht, so dass die Kolonie des Landes, aus dem sie vertrieben wurden, ihnen eine Chance bot, ihre spanische Identität beizubehalten. Als Ärzte, Anwälte, Notare, Schneider, Lehrer und Silberschmiede brachten sie dringend benötigtes Wissen mit in die Neue Welt, in der sie zunächst gut aufgenommen wurden. Sie siedelten sich in Veracruz, Oaxaca, Campeche, Guadalajara, Morelia und Mexico City an. Als die Inquisition 1571 auch die spanischen Kolonie erreichte, wurde es selbst für konvertierte Juden gefährlich, so dass bis Mitte des 19. Jahrhunderts alle Zeichen eines praktizierten Judentums aus der mexikanischen Öffentlichkeit verschwanden. Erst die Säkularisierungspolitik des liberalen Präsidenten und Zapoteken Benito Juarez ermöglichte es Nichtkatholiken, mexikanische Staatsbürger zu werden.